《指導(dǎo)意見》指出，水利工程建設(shè)項目代建制是指政府投資的水利工程建設(shè)項目通過招標等方式，選擇具有水利工程建設(shè)管理經(jīng)驗、技術(shù)和能力的專業(yè)化項目建設(shè)管理單位（以下簡稱代建單位），負責(zé)項目的建設(shè)實施，竣工驗收后移交運行管理單位的制度。代建單位對水利工程建設(shè)項目施工準備至竣工驗收的建設(shè)實施過程進行管理，按照合同約定履行工程代建相關(guān)職責(zé)，對代建項目的工程質(zhì)量、安全、進度和資金管理負責(zé)。
《指導(dǎo)意見》規(guī)定，代建單位應(yīng)具有獨立的事業(yè)或企業(yè)法人資格，與代建管理相適應(yīng)的組織機構(gòu)、管理能力、專業(yè)技術(shù)與管理人員；具有滿足代建項目規(guī)模等級要求的水利工程勘測設(shè)計、咨詢、施工總承包一項或多項資質(zhì)以及相應(yīng)的業(yè)績，或者是政府專門設(shè)立（或授權(quán)）的水利工程建設(shè)管理機構(gòu)并具有同等規(guī)模等級項目的建設(shè)管理業(yè)績，或者是承擔(dān)過大型水利工程項目法人職責(zé)的單位。
《指導(dǎo)意見》要求，擬實施代建制的項目應(yīng)在可行性研究報告中提出實行代建制管理的方案，經(jīng)批復(fù)后在施工準備前選定代建單位。代建單位由項目主管部門或項目法人（以下簡稱項目管理單位）負責(zé)選定。招標選擇代建單位應(yīng)嚴格執(zhí)行招標投標相關(guān)法律法規(guī)，并進入公共資源交易市場交易。代建單位確定后，項目管理單位應(yīng)與代建單位依法簽訂代建合同。
《指導(dǎo)意見》明確，代建單位負責(zé)組織項目實施，對建設(shè)工期、施工質(zhì)量、安全生產(chǎn)和資金管理等負責(zé)，依法承擔(dān)項目建設(shè)單位的質(zhì)量責(zé)任和安全生產(chǎn)責(zé)任。項目管理單位負責(zé)落實建設(shè)資金，監(jiān)督檢查工程建設(shè)的質(zhì)量、安全、進度和資金使用管理情況等工作。地方政府負責(zé)協(xié)調(diào)落實地方配套資金和征地移民等工作，為工程建設(shè)創(chuàng)造良好的外部環(huán)境。各級水行政主管部門按照規(guī)定權(quán)限負責(zé)管轄范圍內(nèi)水利工程建設(shè)項目代建制的監(jiān)督管理工作。
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